紫外線殺菌主要是利用254納米波長的紫外線光。此波長的紫外線光，即使是在微量的紫外線投射劑量下，也可以破壞一個細(xì)胞的生命核心——DNA，因此阻止細(xì)胞再生，喪失再生能力使細(xì)菌變得無害，從而達(dá)到滅菌的效果。象所有其它紫外線應(yīng)用技術(shù)一樣，這種系統(tǒng)的規(guī)模取決于紫外線的強度（照射器的強度和功率）和接觸時間（水、液體、或空氣暴露在紫外線下的時間長短）。
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